一是企业内部质量体系审核员本身对质量管理标准、质量手册及程序文件学习不够，理解不透彻。
ISO 9001质量管理体系随着社会和科学技术的发展而不断更新，从2000版、2008版到现在的2015版，短短的十多年就更新了3次。由于企业对ISO9001质量管理体系换版学习不够重视，再加上企业的工作重心是生产经营，上至高中层领导，下至普通员工都没有认真对企业的质量管理体系手册、程序文件、作业指导书进行学习，也没有深入理解其内涵。
二是企业高中层领导对体系内部审核工作重视程度不够。
体系内审是企业内审员进行的审核，即使在审核过程中发现了问题，都是内部问题，高中层领导都会要求内部质量体系审核员进行解决，相关部门领导也就不会花费很多时间、精力去整改，还是生产工作重要。这也使得企业的日常工作与质量管理体系文件不能有效结合，各做各的，从而导致写与做不一致的“两张皮”现象。
三是内部质量管理体系审核员的审核经验及心理素质不高。
大多数企业内审员经过认证机构培训3-5天，进行简单的考试获得了质量管理体系内部审核员证后，就直接参加企业体系内审。内审员没有实战工作经验;审核时间短、覆盖内容及范围广;审核的对象大多都是熟悉的同事、企业高中层领导，心理比较紧张，只能发现质量管理体系运行过程的肤浅问题，没有全面透彻审核质量管理体系在企业中的运行情况。
四是内部质量管理体系审核记录所填写的信息不够全面、完整，
记录填写过于简单，有些内部质量体系审核员所开出的《不符合项报告》 不规范，没有按标准要求进行填写，无法落实到相关责任人，甚至所开出的条款与事实不匹配。
