食品无尘车间工程设计施工前的管理应对原有的建筑进行彻底的清扫和修补工作，对原有的门窗要做好密封工作，施工时，现场应该每天做清洁工作，不能象土建施工那样，到最后才做清洁工作，施工工序应进行合理安排，杜绝哪部分材料先到就先施工哪部分的极端错误做法，允许同时施工的各部分要注意彼此间的衔接关系。
施工现场应有专用的仓储间，设备和材料到达施工现场时应严格检查，特别应该注意意HEPA过滤器是否有可见的损坏，各种过滤器开箱检查后应重新封存，围护壁板表面损坏严重的要重新补料，所有设备和材料的说明书和合格证均应妥善保管，以便竣工验收后将资料完整的移交给用户。
洁净送、回风系统的风管，每一次加工后应立即清洗并进行漏光检查，然后两端用塑料薄膜封闭保护，安装连接时再重新打开，特别是小尺寸的风管，假如不采取这种严格的清洁措施，系统连接后，清洁工作非常难做，对最后的验收工作会带来很大的困难，造成不堪设想的后果。
回风柱内和回风夹道必须边清洁，边施工，边清洁，边封钢板风管的板材厚度和风管支架（或吊杆）的距离要严格按照国家规范执行，任何偷工减料的做法，都会造成不堪设相的后果。
在施工过程中，如临时需要在壁板或顶板上开孔，必须征得设计的同意，以免影响无尘室内的气流组织。
施工中要仔细做好无尘室的密封工作，很多人认为无尘车间为了平衡新风，要排掉一部分室内的空气，泄漏一点也无所谓，实际上这种观点是错误的，我们强调无尘室的气流要有底流动，要按照设计的意图流动，不该漏的地方绝对不能漏，这对控制无尘室的压差有很大关系，密封材料应该是不起尘和不干涸的，注意有些工业无尘室禁止用硅胶材料密封。
无尘车间工程工作越接近完成时，越要更加仔细地清扫，其洁净度应越来越高，在安装时应特别注意那些触及不到或难以触及之处，对清扫房间应特别注意，在整个安装期间应指定专人负责清扫并制订清扫规程。
