自动化立体仓库多为单元货格式货架，每一个货格内存放一个货物单元（托盘或货箱），一个货物单元由同一种货物组成。其出入库方式有两种:一是以货物单元为单位进行存和取；二是以货物单元为单位进行整存，而按发货的数量零取。前者作业比较简单方便，可以利用巷道堆垛机进行整存整取。后者作业比较困难一些，其取货方式有两种:
①在出库端设分拣台，利用巷道堆垛机将货物单元取出，放置在分拣台上，由分拣人员按照出库凭证取出所需要的数量，然后再由巷道堆垛机将货物单元送回原来货格。
②由分拣人员驾驶巷道分拣机或堆垛机，按照发货凭证到每种货物的相应货格位置，从货物单元中拣出所需要的数量。在同一仓库内往往不是一种作业方式，多为混合作业方式，有时以整存整取为主，有时以整存零取为主。这主要取决于仓库的规模、库存货物的品种数、货物单元的大小和发运方式等。
仓库的作业方式与设备的配置关系密切。仓库设备的配置要与作业方式相适应。对于以整存整取为主的仓库多采用巷道堆垛机；对于以整存零取为主的仓库多采用拣选机。堆垛机和拣选机的数量主要根据巷道数和出入库频率来确定。如果货物出入库频繁，则每个巷道配置一台堆垛机或拣选机；对于货物出入库频率比较小而且比较均衡的仓库，堆垛机或拣选机数量可小于巷道数，具体数量可根据忙闲程度而定。但这时必须考虑堆垛机或拣选机跨巷道作业的问题，可通过两种方式来解决:一是在巷道一端安装巷道堆垛机转移台车，二是采用无轨巷道堆垛机或拣选机。仓库周边设备的配置主要取决于仓库的规模和仓库的总体布置。
