在进行百级净化车间的设计建造的时候，需要设计其内部的净化系统，主要是从控制含尘浓度、选用净化设备、控制空气温度、湿度、控制气流流速、控制换气次数、进行空气过滤等多个方面进行设计。
1、控制含尘浓度
在建造百级净化车间时，要控制车间范围内的空气悬浮微粒的含尘浓度，从而使百级净化车间达到理想的洁净度级别。
2、选用净化设备
百级净化车间应选用一些净化设备作为车间内提高洁净度级别的设备，可以安装ffu。
作为车间内的送风排风设备，使车间内的每一个角落都得到洁净的空气，也可以使车间保持正压，有效地保障百级净化车间保持百级。
3、控制空气温度、湿度
百级净化车间设计装修最主要的作用就是控制产品所接触的大气的洁净度及温度、湿度，使产品能够在一个很好的环境内生产和制造。
而按照国际上的惯例，净化车间设计装修的洁净级别主要是根据每立方米的空气当中粒子的直径大于标准的数量来规定的。
也就是把微粒控制在一个非常小的单位上，在常规当中就是说符合微粒的颗粒在我们常见的灰尘当中是小的微乎其微。
而对于那些生产上来说，哪怕一点点的，很少很少的灰尘也会产生很坏的负面影响的。
国际上百级净化车间设计装修的标准的a级就是每立方米将小于0.5微米粒径的微尘数量控制在3500个以下。
4、控制气流流速
百级净化车间的洁净度必须达到百级，而想要达到百级，净化车间内的气流流速为：0.2~0.5m/s，车间内尘埃粒子数为：3520/m3。
温度：22℃±2；湿度：55%±5；基本需要满布ffu，做高架地板。做mau+ffu+dc系统。还有保持正压，相邻房间压力梯度保证在10pa左右。
5、控制换气次数
百级净化车间若非得用换气次数来衡量的话200次/h以上，百级净化车间若是以层流风速来说的话>0.35 m/s，百级净化车间若以hepa高效空气过滤器对吊顶覆盖率的话>50%。
必须很好的控制车间内的气流方向和车间内的温湿度，含尘浓度，尽量减小尘埃进入净化车间。
6、进行空气过滤
采用垂直单向流的气流形式,送风先要通过初效过滤器进行预过滤,将气流中的大颗粒粉尘粒子处理掉。
经过预处理后的空气，再经过高效过滤器进行二次过滤，以起到充分保护高效过滤器的作用。
在离心风机提供的压力下，通过高效过滤器，使之达到洁净要求。所有气流均经过高效过滤器处理，所以送风，排风均不带残余粉尘，避免了二次污染。
由于在工作区域形成稳定的单向流，起到保护外部环境的作用。保持净化车间的洁净度，在日常使用时应定期对净化车间进行保养维护，保持车间内的百级洁净度要求。
