不同性质的食品，最好不在同一车间内生产，性质相同的食品在同一车间生产时，也要根据使用性质的不同而加以分隔。车间办公室、车间化验室、工具间、保全间、空压机房、真空泵房、空调机房等等，均需与生产工段加以分隔。在生产工段中，原料预处理工段、热加工工段、仪表控制室、油炸间、杀菌间、包装间等相互之间均应加以分隔。
食品工厂卫生要求较高，而生产车间的卫生要求更高。在食品生产过程中，有很多生产工段散发出大量的水蒸气和油蒸气，从而使车间内温度、湿度和油气较高。在原料处理和设备清洗时，排出的大量废水中含有稀酸、稀碱及油脂等介质。鉴于上述原因，在进行食品工厂设计时有如下要求。
一、 每个车间至少有两道以上的门，作为人流、货流和机器设备的出入口。作为人流出入口的门，其尺寸在正常情况下应能满足生产要求，在火灾或某种紧急状态下亦应能满足迅速疏散的要求。故尺寸要求适中，不宜过大，亦不能过小。作为运输工具及机器设备进出的门，一般要能让生产车间最大尺寸的机器设备通过。总的来说，生产车间门的数量，必须按生产工艺和车间的实际情况来进行食品工厂设计。
二、对排出大量水蒸气和油蒸气的车间，应特别注意排汽问题。一般对产生水蒸气或油气的设备需进行机械通风，可在设备附近或设备上部的屋顶开孔，用轴流风机在屋顶上直接进行排汽。食品工厂生产车间，对于局部排出大量蒸汽的设备，在平面布置时，应尽量布置在当地夏季主导风向的下风向，同时，将顶棚做成倾斜式，顶板可用铝合金板，这样，可使大量蒸汽排至室外。
三、食品工厂生产车间最好有空调装置在没有空调的情况下，门窗应设纱门纱窗。在我国南方地区，除设纱门纱窗外，其车间的层高一般不宜低于6m，以确保有较好的通风。密闭车间应有机械送风，空气经过过滤后送入车间。屋顶布有通风器，风管一般可用铝板或塑料板。产品有特别要求者，局部地区可使用正压系统和采取降温措施。车间除一般送风外，另有吊顶式冷风机降温。该冷风机的风往车间顶部吹，以防天花板上聚集凝结水。也有采用过滤的空气送入净化车间，使房间呈正压系统，不让外界空气进入该室。
