用的消毒方法有物理方法，如煮沸、蒸汽等，适用于棉织物、空罐等；紫外线消毒，适合于空气、衣物等；化学方法，使用各种化学药品、制剂进行消毒，适用于各种对象。各食品工厂可根据消毒对象的不同采用不同的消毒方法。
（一）食品工厂常见的消毒药品
（1）漂白粉。使用浓度（体积分数）0.2％～0.5％，适用于无油垢的工器具，如操作台、夹层锅、墙壁、地面、冷却池、运输车辆、胶鞋等的消毒。
（2）碱溶液。使用浓度（体积分数）1％～2％，适用于有油垢或浓糖沾污的工器具、机械、墙壁、地面、冷却池、运输车辆及食品原料库等的消毒。
（3）福尔马林。37％甲醛的水溶液称作福尔马林，常以水溶液或加热成气体状用于杀菌。使用浓度（体积分数）5％，适用于有臭味的阴沟、下水道、垃圾箱、厕所等的消毒。
（4）石灰乳。使用浓度（体积分数）20％，适用于干燥的空旷地的消毒。
（5）石灰粉。使用时50kg石灰加水17.5kg，即成粉状，适用于潮湿的空旷地的消毒。
（6）高锰酸钾溶液。使用浓度（体积分数）0.1％～2％，适用于水果与蔬菜的消毒。
（7）酒精溶液。使用浓度（体积分数）70％～75，适用于手指、皮肤、小工具的消毒。
（8）过氧乙酸。为新型高效消毒剂，对细菌繁殖体、芽孢、真菌、病毒均有高度杀灭效果。使用浓度（体积分数）0.04％～0.2％，适用于各种器具、物品和环境消毒。
（9）二氧化氯。常温下为黄红色气体，易溶于水，有很强的杀菌作用，主要用于饮用水的消毒，加入量只需0.2mg/L即可达到饮用水的消毒要求，此外，还可用于食品加工车间、加工设备、管道、空气、农产品的消毒，以及作为食品保鲜剂等。
（10）臭氧。常温下为带蓝色爆炸性气体，有特异臭，是一种高效广谱杀菌剂，稳定性极差，常温下可自行分解，不易贮存，需现场制作，立即使用，可使细菌、真菌等菌体的蛋白质外壳氧化变性，可杀灭细菌繁殖体和芽孢、病毒、真菌等。
臭氧是已知最强的氧化剂之一，仅次于氟，可以氧化大多数有机物、无机物。臭氧与其他氧化性物质的氧化性强度对比如下:
氟臭氧＞过氧化氢＞高锰酸根＞二氧化氯＞次氯酸＞氯气＞氧气
（11）新洁而灭。又名溴苄烷铵、溴化十二烷基二甲基苄基铵、苯扎溴铵，简称G12，化学名为十二烷基二甲基苄基溴化铵，分子式C21H38NBr，属于季铵盐类的阳离子表面活性剂。在水溶液中，其主体部分离解成阳离子。在低浓度下有抑菌作用，在高浓度下可杀死大多数种类的细菌繁殖体与部分病毒。其优点:杀菌浓度低，一般只需千分之几即可；毒性与刺激性低；溶液无色；无腐蚀漂白作用；气味小，水溶解性好，使用方便；耐光、耐热、耐贮存。其缺点:对部分微生物效果不好，特别是芽孢；价格较贵；配伍禁忌多；效果受有机物影响大。本品可用于仓库及各种容器，用1:（2000～5000）的水溶液，以喷雾的方式杀灭霉菌和其他细菌；也可用1:（2000～5000）的水溶液，擦拭食品生产机械设备、用具表面，以防长霉。该消毒剂不能与肥皂或其他阴离子洗涤剂同用，也不可与碘或过氧化物等消毒剂合用，不宜用本品消毒粪便、痰液等排泄物和分泌物。目前我国允许使用的季铵盐类消毒剂除新洁而灭外，还有度米芬和消毒净。
（二）常见的消毒方法
因加热消毒简单方便、杀菌效果可靠，而且消毒后有“净干亮洁”的特点，易于检查，一直成为食品加工器具、餐具消毒的一种主要方式。企业的加工器具、餐具和其他物品首先要选用加热消毒法，其次，才选用洗涤剂和消毒剂。
紫外线是食品加工企业常用的消毒方法。紫外线属于电磁波辐射，不能使原子电离，放出的能量低，穿透力弱。但紫外线消毒廉价、方便、无残留毒性、比较安全。它的主要用途是消毒空气，也可用于水、饮料、物体表面消毒，可杀灭各种微生物，包括细菌、真菌、病毒、立克次体等。
