1、洁净室的布置原则与恒温室基本相同，不过，在防尘方面要求更为严格。
2、工艺布置应紧凑，尽可能地控制洁净室面积。洁净室建筑造价及投产后管理费用昂贵，节约建筑面积即可大大节约投资。在不影响工艺流程的情况下，应把洁净度要求相同的房间集中布置，以便合理地布置空调系统。
3、洁净室之间的物料运送路线要尽量短捷，以减少途中的污染和人员流动产生的灰尘，并通过传递窗递送物料。
4、洁净室的人流组织应首先通过洁净辅助区进行人身净化，然后从低洁净度洁净室流向高洁净度洁净室。由于洁净室的密闭性高，人流路线往往比较长而且曲折，一旦发生事故，容易造成伤亡，设计时必须设置足够的安全出入口和报警设施。出入口至洁净室的所有工作地点要近便，并须有明显的标志和事故照明。
人员出入口与物料出入口要分别设置，其外门不要面向全年主导风向，并须设置门斗。在满足工艺要求的前提下，洁净室的净高应尽量降低，既减少通风换气量，又降低造价，净高一般以2.5m左右为宜。
5、洁净室的平面布局大体可分为廊式和大厅式两种。
a.廊式可有单条走廊、两条走廊和三条走廊等布置方式。
b.单条走廊的洁净室一般是建筑物中有一条走廊，两侧布置洁净室以及辅助用室，走廊兼走道，回风管道可以采用自然采光。这种布置方式适用于洁净度低的洁净室或无窗洁净室。
在两条及三条走廊布置方式中，洁净室的窗子可不直接开向室外。在三条走廊方案中，其中一条可兼做技术走廊，架设全部管线。这两种布置方式可以采用包括层流在内的各种气流组织，因而可布置各种不同洁净度要求的洁净室。
c.由于洁净室管道较多，其中风管的截面最大，占用空间最多。为适应洁净的要求，在平面和剖面设计时都采用了一些特殊的处理以统一布置各种管线。一般可采取技术夹层、技术夹墙和技术走廊的形式。有时亦可在竖向管道密集之处设置管道竖井来解决垂直方向的管线布置。
