（一）空气洁净度等级的确定
洁净室中存在多种工艺时，应根据各工艺的不同要求采用不同的空气洁净度等级。食品工业洁净厂房设计或洁净区划分可以参考洁净厂房设计规范进行。也可参考医药工业洁净级别和洁净区的划分标准，医药行业空气洁净度划分为四个等级，分别为：百级、万级、十万级、三十万级。
在满足生产工艺要求的前提下，首先采用洁净室或局部低洁净度空气净化，然后可将局部工区和整个低洁净室的空气净化合并或采用综合空气净化。
（二）洁净室设计的综合要求
在合理布置、紧凑、避免人流混合流动的前提下，为了提高净化效果，应按照以下要求布置所有具有空气洁净度要求的房间。
（1）空气洁净度高的房间或区域应布置在人数最少的地方，并靠近空调房间。
（2）应根据空气的洁净度从内向外设置不同清洁度等级的房间或区域。
（3）空气洁净度相同的房间或区域应相对集中。
(4)如洁净室需要高度的空气洁净度，则须将其布置在上层，而易受污染的工序设备则须设置在返回空气出口附近。
（5）空气洁净度不同的房间相互连接，并采取防污染措施，如气闸室、缓冲室或转换窗（柜）。
(6)如果下列空气净化系统不能避免交叉污染，则不应使用回风。
A、固体物料的破碎、称量、配料、混合、制粒、压片、涂装、灌装等工序
B、精制并干燥用有机溶剂精制的原料药物。
C、生产过程中产生大量有害物质和挥发性气体的生产过程。
(7)对于面积大、洁净度高、集中位置和安静、振动控制严格的洁净室，应采用集中空气净化系统，而应采用分散式空气净化系统。
（8）洁净室内产生粉尘和有毒气体的工艺设备应配备局部除尘和排气装置。
(9)应保护清洁的室内排气系统免受反向灌溉或过滤，以避免室外空气流入。含有易燃易爆物质的局部排气系统应采取防火防爆措施。
(10)洁净室的温湿度不应在干净的工作服中感到不舒服。
