要想避免保健食品再出现霉菌、细菌甚至致病菌超标的食品安全事件，要从食品工艺设计和实施、杀菌消毒、自动包装等方面，严格执行相关规范，而这些规范都可以在保健食品良好生产规范中找到科学的答案。
车间环境空气的消毒工作： 生产车间是保健品生产加工的重要场所，也是微生物污染的最重要环节，所以保障车间的空间环境是保障保健品食品安全的要点。 空气中却到处都悬浮着带有微生物的尘埃、颗粒物或液体小水滴，大量的微生物就附在尘埃上，随着空气的流动和气压的变化，尘埃的飞扬或沉降将微生物附着在保健品上。车间存在冷凝水的管路、拐角，甚至设备表面也会导致霉菌的微生物的产生。
做好车间设备包材消毒工作： 运输工具、生产加工设备和成品包装材料及容器等，都有可能成为微生物污染保健品的媒介，包装材料的不卫生是造成保健品的微生物污染的重要原因，这些用具在包装原料或成品前，都应彻底清洗和消毒。
加强人员卫生的管理： 人体带有微生物的痰沫、鼻涕与唾液的小水滴，在讲话、咳嗽或打喷嚏时，也可能直接或间接地通过空气污染保健品。直接接触保健品的从业人员生产操作时不穿戴工作衣帽或者手和工作衣帽不经常清洗和消毒以保持清洁，也会把大量的微生物带到保健品中，造成保健品的污染。
保健品车间空气消毒，常采用的是臭氧或紫外线，对多数微生物还是有一定作用的，但是霉菌一旦产生孢子，就无法杀灭，因此，臭氧或者紫外线是不能完全抑制车间霉菌滋生的。此时一种新型的消毒剂更受企业的欢迎，其完全可以达到无菌车间消毒要求，无色无味无残留，能快速杀菌等特点，成为很多保健品生产企业日常消毒的首先产品。
在保健品生产过程中，消毒是一项系统性的工程也是一项技术性的工作。应对生产原料、包材、用具、环境、人员、设备、容器、生产用水等等保持消毒灭菌，做到无死角，避免微生物滋生。
各种过滤器在使用一段时间后，因滤料表面捕集了灰尘，从而使过滤器的效率和阻力下降，影响了送风的洁净度，此时需要及时加以更换过滤器。
1、各类过滤器在安装前，不允许打开包装袋或包装膜，并按包装箱上标注的方向存放过滤器，在搬运过程中，应轻拿、轻放，净化车间设计施工，避免剧烈的振动和碰撞。
2、对于高效过滤器，安装方向必须正确用波纹板组合过滤器在竖向安装时，波纹板必须垂直于地面，过滤器在竖向与框架之间的连接，严禁渗漏、变形、破损和漏胶等，安装后必须保证内壁清洁，无浮尘、油污、锈蚀及杂物等..
3、检验方法观察或白绸布擦拭检查。
4、高效过滤器安装前，必须对洁净室进行全0面清扫、擦净，净化空调系统内部如有积尘，应再次清扫、擦净，达到清洁要求。如在技术夹层或吊顶内安装高效过滤器，则技术层或吊顶内也应进行全0面清扫、擦净。
5、高效过滤器的运输和存放应按照生产厂标志的方向搁置。不允许野蛮装卸。
6、高效过滤器安装前，必须在安装现场拆开包装进行外观检查，内容包括滤纸、密封胶和框架有无损坏，边长、对角线和厚度尺寸是否符合要求，框架有无毛刺和锈斑金属框，有无产品合格证，技术性能是否符合设计要求。
7、洁净度级别等于和高于100级洁净室用的高效过滤器，
8、安装高效过滤器时，外框上箭头应和气流方向一致，当其垂直安装时，滤纸折痕方向应垂直于地面。
