这里所说的洁净室施工，是指除土建施工以外服务于洁净室的其他工种的施工。它包含的专业多、工种多。所以施工组织设计及现场协调统筹工作至关重要。没有好的项目经理及综合素质高的技术管理人员，就很难保质保量地完成任务。
洁净室的种类繁多，每种洁净室的施工都有其自身的特点。用途不同，材料不同，施工工序也不同。下面以固体制剂制药车间为例，介绍其施工程序，其他的洁净室施工程序可以此作为参考，进行适当修改即成。
新建制药车间，大都是以土建框架结构为外壳，在其内采用满足GMP要求的轻型壁板材料（如彩钢夹芯复合板）进行分割、装修即:通常所说的大房子里套小房子的结构模式。在土建外壳完工，外门、外窗安装完毕并把现场清理干净后，方可进行净化空调工程的施工。
总的施工程序:先有尘作业，后无尘作业，不允许二者交叉作业。否则会影响工程质量。也就是说把所有产尘作业完成后，才可以进行不产尘的作业。产尘的作业有:各种管道的支吊架的安装，各种吊杆、吊件的安装，管道的焊接等。这就需要各专业、各工种在施工组织设计中，把这些在安装过程中产尘的作业排列在前，由项目经理及相关技术人员进行统筹安排。即使该工种还不到进场的时间，也应派少量人员先进场进行相关的产尘作业。也可由各专业产尘作业的有关操作人员组成施工组，先进场进行各自的吊杆、吊件等产尘作业的安装。待产尘作业基本完工后，再按总的施工组织设计确定的施工工序，安排相关专业依次进场施工，这是比较理想的施工顺序。在实际施工中，经常是分专业分工种、分时段进场。这种安排便于各专业、各工种的管理。但很容易出现有尘与无尘的交叉作业情况，这种施工安排应尽量避免。若不可避免，应做好防尘保护及有效清洁工作。
