医药车间净化工程的设计、施工、厂房内设备设施的制造、安装，生产用原辅物料，包装材料质量、人净物净设施控制程序执行不利等都会影响产品质量。正由于存在主观认识上的误区，在污染控制过程中的洁净技术应用不利，最终出现了有的药厂投入巨资改造后，药品质量并未明显提高。因此，施工方面影响产品质量的原因是过程控制环节有问题，所以在医药车间净化工程施工中会存在留有隐患，有如下具体表现。
1、净化空调系统风道内壁不干净，连接不严密，漏风率过大。
2、彩钢板围护结构不严密，净化厂房与技术夹层（吊顶）的密封措施不当、密闭门不密闭。
3、装饰型材及工艺管线在净化厂房形成了死角、积尘。
4、个别位置未按照设计要求施工，无法满足相关要求规定。
5、所用密封胶质量不过关、易脱落、变质。
6、回、排风彩钢板夹道相通，粉尘从排风到进入回风道。
7、工艺纯化水、注射水等不锈钢卫生管道焊接时内壁焊缝未成型。
8、风道止回阀动作失灵，空气侄灌造成污染。
9、排水系统安装质量不过关、管架、附件易积尘。
10、医药车间净化厂房压差整定不合格，未能满足生产工艺要求。
