对于制药来说，药厂洁净室的温度和湿度会直接影响药品的质量，所以控制洁净室内的温度和湿度是非常重要的。
1.洁净室对温度的要求
温度是外界环境中影响制剂稳定性的重要因素之一
一般来说，温度升高，药物的降解速度增加。在制剂的制备过程中，一些工艺需升高温度如灭菌加热溶解、干燥等，如瓶子经烘烤后的晾瓶室，按常规温度设计是不现实的。转瓶培养室一般要求37℃，常规温度也是不适用的。
应注意温度对制剂稳定性常带来的变化。特别是生物制品对热非常敏感。可以通过降低温度、减少受热时间、采用冷冻燥、无菌操作等新工艺来避免温度对药物稳定性的不良影响。
例如，血液制品的压滤、融化、离心等工艺要求≤8℃，而血浆蛋白的分离纯化，特别在低温乙醇工艺中，由于温度升高可能造成蛋白质的变性，在乙醇存在的情况下变性可能性更大，因此，整个过程均应在0℃以下进行，其范围在0～—8℃之间。温度的降低使蛋白质的溶解度减低，有利回收。如果温度控制不好轻则影响蛋白质回收，重则造成蛋白质的完全变性。例如在沉淀某些组分时，蛋白质溶液温度高于要求值1.3℃时，产量降低37％，高于要求值3.6℃时，可导致产品完全损失。所以，这种车间的送风温度可能低于-10℃。这里要特别指出，这种使用大量乙醇的车间，应特别注意防爆问题，在土建设计上（如围护结构、设防爆门斗等）、空调净化系统上（如设排风甚至不用循环风、风管材料等）电气设备上（如防爆电机、照明灯具、防爆风机等）都要加以考虑。
又如胶囊，其成分主要为明胶，为增加胶液的胶冻力还会加琼脂，这些成分对温湿度都有要求。温度太高太低会使其变粘或变脆，所以，其操作环境温度应为10～25℃。
2.洁净室对湿度的要求
水是化学反应的媒介，所以，相对湿度也是外界环境中影响制剂稳定性的重要因素。对于固体制剂而言，空气中的水分可在固体表面形成膜，分解反应在此发生。如微量的水能加速乙酰水杨酸、青霉素G钠盐、氨苄青霉素的分解。降解反应的速度与环境的相对湿度成正比。药物对湿度的敏感性取决于其临界相对湿度（CRH）在较低相对湿度时，药物一般不吸湿，但当提高相对湿度到某一定值时，能迅速增加吸湿量，此时的相对湿度称为临界相对湿度。
应该指出，大部分水溶性药物混合物（各组分不相互作用、不受共同离子影响）的临界相对湿度等于各组分的临界相对湿度的乘积，而与组分的比例无关。如青霉素钠盐结晶中若含有钾盐，其临界相对湿度为70％×82％＝57.4％。也有例外，如盐酸硫胺与盐酸苯海拉明的混合物，其临界的相对湿度实测值是75％，却不是两者CRH的乘积68％。
所以，对于一些化学稳定性差的药物、易水解的药物，如口服头孢类抗生素氨青霉素等，应该对其生产环境的相对湿度进行控制。考虑到相对湿度的正常波动可达10％，药物的吸湿在临界湿度之前就已开始，特别是对于水溶性药物，开始吸湿远低于临界值即CRH，所以，作为湿度控制值起码应低于波动下限，以上述57.4％的数值而言，控制值起码取47％以下，例如45％较好。
对一些特殊剂型的药品，如粉针剂、散剂片剂、胶囊剂等相对湿度除可能影响其稳定性外，由于其吸湿性明显增加，会使药物流动性降低，影响到生产的进行、剂量和产品质量。而对胶囊本身，相对湿度大于45％时会产生更快更明显的影响，直至发生溶化，所以，空胶囊的制备条件的相对湿度应控制在35％45％，贮存条件则为30％～40％，这可能因贮存时间远长于生产时间的关系高湿度易使胶囊剂变软，变粘、膨胀，低湿度也会使胶囊破裂而不易灌充。
所以，对相对湿度敏感的药品，夏天要除湿，冬天则要加湿。
相对湿度对药品生产的重要性还表现在，高湿度时生产环境易长得菌而造成对药物的污染。
