生物净化工程按照生产和科研可以分为生物净化工程和生物学净化车间两种。增加了清洁处理环节，目的是控制生物颗粒对卫生环境和工作人员造成的污染。除了设计的几大参数外，还要采取负压措施，避免生产的产品对环境的影响。主要的工作人员是科研人员，用于产品研发和科学试验。生物净化工程设计中要考虑生物因素的影响，设计中要注意以下参数。
（1）控制生物浓度。净化车间除了要满足非生物浓度的要求，还要对生物浓度进行控制，采取措施控制浮菌量和沉降量。
（2）负压与隔离措施，必须保证生产车间处于负压状态，维持室内负压，因为生物颗粒的危害程度较高。此外，设计中还应采取隔离措施，用隔离箱，隔离生物颗粒与操作人员，这时的隔离为二次隔离，为生物颗粒污染增添了一道屏障。通过隔离措施将洁净室变为负压区，有效地防止了危险生物颗粒的污染。
（3）换气次数要求，设计的排风危害性大，必须控制排风的出风风速在每秒十三米以上。过滤器要以铝箔为板，以金属做框，且要及时检查，及时更换，目的是为了防止潮湿滋生和腐蚀。
（4）其他要求。设计时通风管道采用不锈钢材料，保证焊接的顺滑度，严格对生产人员的衣物进行清洁处理，进出生产车间更换衣物，进行淋浴及干燥处理，防止由生产人员将生物病菌带入生产车间。
生物净化工程是保证药品生产和质量管理的基础设施，必须以控制生物颗粒和非生物颗粒为设计、施工和运行的目标。因此，在设计中要严格遵循生产质量管理规范和洁净厂房设计规范，选择合理的、满足生产要求的空气洁净度级别、换气次数、气流组织形式等设计参数，严格按照要求对医药净化车间进行设计、施工、测评，严格对车间的工作人员进行个人卫生处理。
