洁净室建造好之后，在后期的使用过程中，也要注意洁净室的洁净度，更好的保证洁净室的正常运行。
（1）保持洁净室空调房间的正压值。如果房间出现负压或正压值低于邻室，室外和周围房间的空气便会由门窗缝渗入，尤其在净化空调系统中，净化等级高的要比其它房间的正压值要高。医药设计洁净度比非洁净区至少大于10帕，不同洁净度之间大于10帕。
（2）要保证洁净室空调房间气流组织的合理性。气流组织如果被破坏，不但室内的温度分布受影响，而且因为蜗流过多，使墙角、地面附近的不洁气流扩散到室内工作区。因此，空调房间内的工作台，设备的布置要考虑到气流组织的合理性。设备不能把回风口挡住，回风口百叶严禁乱动。
（3）净化房间一定要保证有三级过滤：粗、中、高、效过滤。要加强净化空调的管理。工作人员应遵守制度和操作规程，保证室内的卫生达到净化要求。
（4）经常或按期清洗、更换空气过滤器，新风入中粗效、中效泡沫塑料过滤器要经常清洗。当中效过滤器的终阻是初阻的二倍或限定值时，应进行清洗。过滤器阻力过大时，应该更换。泡沫塑料过滤器清洗后，应该测定。
（5）保持空调处理设备，空调机房的清洁。
（6）定期测定室内的含尘量和正压值。
我方在根据《中国药典》2015年版第四部及《药品生产质量管理规范（2010年修订）》（GMP），对于B、C、D级洁净室，采用非单向流，末端采用过滤效率99.995%-99.999%的H14过滤器，保证B级55次，C级25次，D级15次的换气次数，利用洁净空气对房间内的空气进行稀释，以此来达到相应的洁净度要求
