为使药品在生产过程中达到质量要求，在土建设计方面必须创造一个合理的布局和合理的环境。首先应根据工艺流程和生产要求对整个车间进行分区，区域划分应保证合理、紧凑，避免人流、物流混杂。不论是新建厂房还是旧厂改造，对于药厂洁净厂房工程平面布置都应符合下列要求。
1、药厂洁净厂房工程中人员和物料的出入门必须分别设置，原辅料和成品的出入口宜分开，防止原材料、中间体和半成品间的交叉污染。布置上要避免无关人员或物流通过生产区域。
2、生产区(包括留验、包装)与原材料、成品存放区的距离要尽量缩短，避免药品因往返运输而污染;对于极易造成污染的物料和废弃物，必要时可设
置专用出入口。
3、人员和物料进入药厂洁净厂房要有各自的净化用室和设施，净化用室的设置要求与生产区的洁净级别相适应用。人员和物料使用的电梯宜分开，且电梯尽量不要设在洁净区内，必须设置时，电梯前应设置气闸室。
4、空气洁净度高的房间或区域宜布置在人员少到达的地方，并宜靠近空调机房。不同洁净级别的房间或区域宜按空气洁净度的高低由里及外布置:洁净度相同的房间或区城的布置则宜相对集中四。洁净度不同的房间之间相互联系时，要有防止交叉污染的措施，如气闸室、空气吹淋室、缓冲间或传递窗(柜)等。
5、宜尽量减少洁净区域的面积，洁净厂房内只应放置必要的工艺设备和设施，室内工作人数应控制在低限度。同时，还应考虑到使原材料、半成品和成品存放区面积与生产规模相适应。
6、根据需要合理布置辅助车间。例如，称量室宜靠近原辅料库，其洁净级别应与配料室相同;对于10万级及大于10万级洁净室的设备及容器具清洗室可布置于本区域内，级别较高的100级、10000 级洁净室的清洗室宜设在该洁净区外，其洁净等级可低于生产区一- 个级别;清洗工具洗涤、存放室、维修保养室均不宜设在洁净生产区内;洁净工作服的洗涤、干燥室的洁净等级一般可低于生产区一个级别，而无菌服装的整理，其洁净级别应与生产区相同。
