坚持生命共同体理念，体现系统性思想
山水林田湖草是一个生命共同体理念从更大格局上认识人地关系，深刻而透彻地阐明了人与自然和谐的根本，其核心思想是系统观和生命观。系统观主要表现为生态系统的综合整体性、等级层次和尺度性及其新生特性。《指南》的总体要求包含“遵循自然生态的整体性、系统性、动态性及其内在规律”，“用基于自然的解决方案”“多措施并举”“系统修复、综合治理”“适应性管理”等内容，充分体现了系统观的综合应用。同时，《指南》提出“山水工程”实施应从“景观（区域、流域）、生态系统、场地”三个尺度开展，对应提出“工程规划、工程设计、工程实施、管理维护”四个阶段的要求。这些都充分体现了生命共同体景观综合体的整体性、等级层次性等基本特性。
可见，在生态保护修复过程中，要充分认识生命共同体的系统性，深入系统地研究生命共同体的动态性、协同性、适应性、弹性、可持续性等基本规律和表现，并运用系统工程方法开展生态保护修复，维护和重建生态过程，保持生态系统的完整性，提升生态系统整体功能。
落实空间规划要求，促进乡村振兴
统筹山水林田湖草系统治理是落实空间治理、乡村振兴战略的重要举措。《指南》将“以人为本，绿色发展”作为首要原则，明确落实国土空间用途管制要求，严守生态保护红线、永久基本农田、城镇开发边界“三条”控制线，并提出将生态保护修复与脱贫攻坚、乡村振兴、区域协调发展等国家战略相结合，推动生态产业化、产业生态化，处理好生态修复与百姓长远生计的关系，促进生态保护和高质量发展。
《指南》还提出，生态空间要维护自然生态系统原真性，尽量减少人为扰动；农业空间要保护乡村风貌，推动农村地区的山水林田湖草系统保护修复；城镇空间要依托现有山水脉络形成城乡连通的生态网络，增强生态、农业、城镇空间的连通性。因此，农业空间生态修复应切实贯彻山水林田湖草生命共同体理念，以全域国土整治和生态修复为抓手，保护农业空间中传统农村农业景观，统筹高标准农田建设、农村居民点整治、人居环境改善、农业废弃物综合利用、农田养分综合管理、生态循环农业、“山水工程”等各类项目，开展田园生态系统和美丽乡村建设，落实乡村振兴战略。
重视生物多样性保护，提升田园生态景观品质
山水林田湖草生命共同体理念体现了生命（生物）和环境构成的生态系统观。山水林田湖草是个更大尺度的生命有机体，具有较高生物多样性是其基本特征。
《指南》高度重视生物多样性保护，要求各类保护修复工程针对特殊保护生物物种减少、生物多样性下降、外来物种入侵等生态问题，重点对珍稀濒危动植物栖息地进行生态保护和修复，打通生态廊道，构建生态网络，扩大生态空间，营造良好的生物栖息环境。这符合2017年9月中共中央办公厅、国务院办公厅印发的《关于创新体制机制推进农业绿色发展的意见》中关于“遵循生态系统整体性，保护生物多样性，合理确定种养规模，建设完善生物缓冲带、防护林网、灌溉渠系等田间基础设施，恢复田间生物群落和生态链，实现农田生态循环和稳定，打造田园生态系统”的要求。
作为《生物多样性公约》的最早缔约国之一，与欧盟农村发展计划将20%~30%投资用于农业空间生物多样性保护相比，我国对分布在占我国国土面积将近一半的农业景观中生物多样性保护的研究和实践严重滞后。要大力提高对农业空间生物多样性保护及其传粉授粉、天敌和害虫调控等生态系统服务功能的认识，在高标准农田建设、农田生态环境管护、全域土地整治行动计划中，应加强生物多样性保护，提高田园生态景观品质。
体现安全、生态、景观优先次序的基本要求
从几十亩地的沟路林渠田，到几平方公里的山水林田村，再到几百平方公里的山水林田湖，都是一个生命共同体，也是景观综合体。《指南》体现了生命共同体的等级层次和尺度效应，要求从大尺度向小尺度即从区域、景观、生态系统、群落、种群、物种梯次分析和诊断问题，应按照“景观（区域、流域）、生态系统、场地”推进“山水工程”，充分体现了“生态恢复”到“景观恢复”的发展方向。
在生态系统尺度上，《指南》借鉴相关国际标准，引入了参照生态系统的概念，要求对应参照生态系统关键属性受损程度和恢复力，合理选择保护保育、自然恢复、辅助再生或生态重建等生态修复模式。在景观尺度上，强调分析不同生态系统构成的土地利用景观格局与生态过程的相互关系，要求围绕提升区域主导生态系统服务，从消除生态胁迫影响、优化景观格局、畅通生态网络、提升生态系统质量等方面提出保护修复总体目标，充分体现了《指南》提出的安全、生态、景观（指景色）优先次序的基本要求。
以《指南》为导向，农业空间生态保护修复应高度重视永久基本农田保护，从山水林田村（乡镇或村域）、沟路林区田（农田景观）、工程技术三个尺度开展生态保护修复：在乡镇或村域尺度上，开展集乡村景观特征提升、生物多样性保护、防灾避险和水土安全于一体的城乡一体化绿色基础设施建设；在农业景观尺度上，要基于农业生态和景观生态原理，推进高标准农田建设；在工程技术尺度上，应基于自然的解决方案，加强生态景观化工程技术应用。
深化“社会-生态复合系统”认知
山水林田湖草生命共同体理念体现了对“社会-生态复合系统”的深刻理解和认知。《指南》从两个方面诠释了“社会-生态复合系统”。一方面，提出“问题导向，因地制宜”。以《指南》为导向，在生态空间，应高度重视传统农业景观保护，建设高自然价值农田；城镇空间尽量保护农业景观，开展绿色基础设施网络建设，降低生态风险；在农业空间，应因地制宜差异化推进全域国土整治和生态修复。另一方面，《指南》强调利益相关方共同参与。农业空间生态保护修复应从行为主体的日常活动对农业生态环境和景观影响入手，尽可能落实到最直接的利益相关者，以减少外来者在不熟悉当地情况或是利益驱动下导致的有意和无意的失误，提升生态修复工程质量和持续性。
强化“基于自然的解决方案”的应用
国际上，为保护自然资源、生态环境和生物多样性，应对当今社会面临挑战和改善人类福祉，提出了基于自然的解决方案（Nature-based Solutions，NbS），其核心内容是全球标准的八项基本准则。
《指南》坚持了NbS的八项基本准则。首先，致力于解决我国生态环境面临的挑战，落实可持续发展战略；其次，从景观尺度开展顶层规划设计，做好不同尺度规划设计衔接和整合；《指南》还重点关注生物多样性，恢复生态系统完整性，强化利弊权衡分析评价。其中，特别提出“全过程适应性管理”，要求针对生态系统演替不确定性，加强工程全过程生态监测，推进全过程适应性管理。可见，《指南》在推动NbS主流化、实践应用方面起到了先行示范引领作用。
加快推进农业空间生态系统修复
完善法规制度建设。以《指南》为导向，一是完善集成可持续水土林资源管理方法、景观方法、基于生态系统方法、基于自然解决方案的生态保护修复战略、法规和标准框架体系；二是构建工程技术生态补偿的以村集体、农户为主体的生态保护修复管护制度；三是完善现有矿山环境修复、高标准农田建设、水环境治理、生物多样性保护等不同领域生态保护修复指南；四是建立多样化生态补偿、“生态占补平衡”制度，吸引社会资金投入，构建多元化融资体系，构建基于结果的生态补偿和生态修复制度。
加强生态技术研究。在《指南》框架的指导下，一方面，改善现有工程技术重视混凝土式“硬装甲”“灰色”建设现象，将现代新技术和传统技法有机结合，设计具有良好生态景观服务的生态景观化工程技术，完善生态保护修复工程技术体系和标准；另一方面，要针对不同类型乡村景观、农田规模化、生产集约化、面源污染程度，构建差异化生态保护修复战略、内容和技术体系。
强化人才队伍建设。基于《指南》实践要求，在现有行业队伍体系下，要着力解决在参照生态系统、地域动植物群落、天敌、昆虫、生态和景观等领域的学科人才短缺问题，加强人才队伍建设；同时，又要加大对生态恢复模式、生物多样性保护和监测、生态景观工程等方面的培训。
搭建信息共享平台。以《指南》为导向，系统总结我国自然资源保护、生态重建、生态保护修复、农业空间生态系统修复等不同行业领域做法和经验，搭建集成战略规定、法律法规、政策制度、示范案例、工程技术、监测评估等方面的信息和技术共享、示范推广平台。
