设立洁净厂房的加工厂厂址明确之后,科学合理地开展厂区内的总体布置和正确处理洁净厂房与非洁净厂房、洁净厂房与各种可能的污染源之间的相对位置,对于建设后的洁净厂房能安全可靠、经济运行和保证加工厂产品品质都尤为重要。厂区内的洁净厂房应布置在环境洁净、人流和货运物流不穿越或少穿越的路段;为尽可能减少外部环境污染,洁净厂房应布置在离厂区内交通频繁道路较远处,若加工厂设立锅炉房等对环境污染偏重的设施时,洁净厂房布置应尽可能拉大与它们的距离或采用必要的技术性举措,降低环境污染程度。

设有洁净室的厂房内,通常可分为洁净室(区)、洁净室辅助用房、公用动力用房、办公管理用房等,为了方便管理,减少厂区各种动力管线长度,尽量降低对洁净室的污染程度,在规范、标准规定允许的前提下,现今各类设有洁净厂房的工厂在进行工厂总平面布置时,尽量按组合式、大体量的综合性厂房进行布置,可将多个有洁净要求的车间及洁净室辅助用房、办公管理用房以及部分或全部公用动力设施集中布置在一栋综合性厂房内。

为了减少厂区内部的污染,厂区的道路应选用整体性好、发尘量少的材料进行铺砌,通常设有洁浄厂房的工厂内的道路面层宜采用改性沥青路面。厂区绿化具有良好的吸尘、阻尘和降低大气中有害物质的作用,设有洁净厂房的工厂内应努力减少甚至不得有裸土地面,厂区所有“裸土”地应种植草坪、盖上卵石等。据报道,绿化带区域的尘埃降低率为22.5%左右,草坪可吸收二氧化碳量约1.5g/(m2.h),种植的植物分泌物的杀菌率可达50%。可见对厂区和工厂周固进行绿化不仅可改善环境,而且还可以降尘降菌。洁净厂房周围场地绿化应以种植草坪为主,小灌木为辅,不宜种植观赏花卉及高大乔木。这是因为观赏花卉多为季节性一年生植物,需经常翻土、播种、移植,从面破坏植被,并使尘土飞扬;高大乔木树冠覆盖面积大,其下部难以植被,容易产生扬尘。洁净厂房周围绿化树种应选用不产生花絮、绒毛、粉尘等对大气有不良影响的树种。对生产药品的洁浄厂房周围不得种植有花粉的树木、花草,以防花粉污染和招惹昆虫。

对于洁净厂房内要求设置防微振的精密设备、仪器或产品生产过程要求防微振时,在厂址选择或已建工厂内的洁净厂房场地选择过程中,需要对周围振源的振动影响做出评价,以确定该厂址或场地是否适宜建设。周围振源对有防微振要求的设备、仪器或产品生产过程的振动影响,是若干单个振源振动的叠加结果,这种叠加,目前还没有系统的参考数据及实用的计算方法,因此,应立足于实测。过去有的工厂,由于建厂前没有对周围各类振源的振动影响进行实测,洁净厂房建成后发现对精密设备、仪器或对产品生产过程的影响很大,有的甚至难以进行生产、测试,所以说明实测各类振源振动的影响评价是十分重要，它是拟选择的洁净厂房的厂址或场地是否合适或需采取必要的防微振措施以确保将振源的振动影响控制在允许的范围内。