食品生产企业为做好食品安全也需要建设洁净车间，可有效减少生产出的产品变质长霉，延长食品保质期，提高生产效益，食品洁净车间需要达到十万级空气净化标准。
一般食品厂洁净车间可大致分为三个区域：一般作业区、准清洁区、清洁作业区。
1、一般作业区（非清洁区）：一般的原料、成品、工具储存区域，包装成品转运区域等原料、成品裸露风险较低的区域，如外包装室、原辅料仓库、包装材料仓库、外包装车间、成品仓库等。
2、准清洁区：要求次之，如原料处理、包材处理、包装、缓冲间（拆包间）、一般生产加工间、非即食食品的内包装间等成品处理但不直接裸露的区域。
3、清洁作业区： 指卫生环境要求最高，人员、环境要求较高，必须经过消毒和更衣才可以进入，如：原料、成品裸露的处理区域，食食品的冷加工间、即食食品的冷却间、待包装即食食品的储存间、即食食品的内包装间等。
建有洁净车间的食品工厂在选址、设计、布局、建设和改造时应最大限度避免污染源、交叉污染、混料和差错的发生。厂区环境整洁、人流和物流走向合理。应有适当门禁措施，防止未经批准人员的进入。保存建设和施工的竣工资料。
生产过程中发生空气污染较为严重的建筑，应建设在厂区常年最多风向的下风侧。
相互有影响的生产工艺，不宜设在同一建筑物内时，各自生产区域之间应有有效的隔断措施。生产发酵产品应具备专用发酵车间。
